مستند «داستان یک پایان» مروری است بر تاریخ 50 ساله گروهک منافقین، قسمت اول

سیر شکل گیری سازمان مجاهدین خلق و انشعاب آن در این مستند بررسی می شود.

قسمت اول این مستند با نام «شروع نافرجام» روانه آنتن خواهد شد و به تشکیل این گروهک تحت عنوان سازمان مجاهدین خلق ایران در سال 44، دستگیری گسترده اعضا در سال 50، ترورهای درون گروهی سال 54 مانند ترور مجید شریف واقفی، ریاست مسعود رجوی بر اعضای زندانی گروهک و ... می‌پردازد.
قسمت دوم که «افتادن نقاب» عنوان گرفته همراهی این گروهک با جریان انقلاب، تلاش رجوی برای شراکت در حکومت جمهوری اسلامی، جنگ مسلحانه در سال 60 و ترورهای گسترده مسئولان و مردم را مد نظر قرار داده است.
قسمت سوم با نام «لشکرکشی تا کمینگاه» نیز به استقرار منافقین در عراق، انجام چند عملیات نظامی برای صدام، شکست عملیات فروغ جاویدان می‌پردازد.
قسمت چهارم «تولد یک فرقه» موضوع  تبدیل گروهک منافقین به یک فرقه در سال‌های پس از جنگ را بررسی کرده میکند.
قسمت پنجم «اسیر در زنجیر دروغ» به بررسی ساز و کارهای فرقه‌گرایی در این گروهک می‌پردازد.
قسمت ششم و پایانی این مستند نیز که «پایان یک رؤیا» نام گرفته، به بررسی نقش زنان در گروهک منافقین و تعامل رجوی با آنان و سرنوشت مبهم مسعود رجوی می‌پردازد.